作為潔凈室中的一個細分類別，潔凈實驗室在各種構造方面都參照了一般潔凈室的一些原理。而根據不同的需求，潔凈實驗室還能夠具體地分為普通潔凈實驗室和生物安全實驗室。這兩種潔凈室之間有著不小的差別。
實驗室生物安全的防護思路及環控技術與普通潔凈實驗室、潔凈室完全不同。
具體表現為：
“生物危害”途徑 ：
有害微生物或生物材料“由內向外”地對工作人員與周圍環境的釋放
“生物安全”控制思路 ：
“由外向內”一層又一層遏制或圍堵有害微生物或生物材料的暴露、泄露或逃逸
我們通過以下表格來直觀對比兩者的區別：
在這張對比表中我們不難發現，實驗室與潔凈室的主要區別在于空調和通風系統。空調和通風系統的設計直接和實驗數據的準確性、操作人員的安全、環保的可靠性、節能等方面有關。
空調和通風系統的設計除了遵循有關設計規范，還應考慮以下6個方面：
（1）操作人員安全：考慮有效捕捉和控制有毒顆粒和氣溶膠。
（2）房間壓力：保持正確的氣流方向。
（3）通風：提供適當的換氣次數
（4）舒適：提供適當的溫濕度環境
（5）潔凈：滿足特定區域空氣潔凈度的要求
（6）系統：合理的系統劃分以防止交叉污染，滿足節能和操作的要求
